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MRQuantIF (ex IronByMR) pour quantifier le fer et la graisse hépatique par IRM


MRQuantIF est un logiciel Java librement téléchargeable fonctionnant sur PC, Mac ou Linux. C'est l'évolution finale du logiciel IronByMR qui était un plugin ImageJ (NIH - Bethesda - USA).
Il permet la quantification conjointe du fer et de la graisse hépatique en utilisant différentes méthodes à partir de divers protocoles, mais de préférence une séquence GRE multiécho.

Ce logiciel :

  • charge les images DICOM, contrôle les paramètres IRM,
  • permet le placement de ROI,
  • trace la décroissance du signal des organes cibles,
  • fournit les différentes concentrations obtenues à partir de plusieurs méthodes (T2* ou SIR)
  • et génère un compte-rendu préliminaire prenant en compte les valeurs les plus appropriées.

Prise en main rapide :

  • réalisez un examen adapté. Le mieux est d'effectuer une séquence unique en écho de gradient avec échos multiples. Il faut utiliser l'antenne corps intégrée dans le tunnel pour pouvoir disposer de la méthode foie/muscle. C’est particulièrement recommandé pour les fortes surcharges et alors indispensable à 3T. Les séquences reconnues et conseillées sont définies dans la partie « Protocoles ».
  • exportez les images DICOM non comprimées de la ou les séries à analyser au mieux vers le répertoire « FromPACS » ou sinon un répertoire d'export libre qui peut être sur le PC, le réseau ou un support amovible. Consultez la partie « Intégration dans le PACS » pour intégrer le logiciel dans votre environnement professionnel. Vous y trouverez également un guide pour installer un récepteur DICOM qui recevra les images dans « FromPACS » si votre PACS ne permet pas d’exporter simplement des images DICOM non comprimées.
  • lancez le logiciel MRQuantIF qui ira en premier consulter le répertoire par défaut « FromPACS » (ou un autre répertoire par défaut que vous pouvez définir). Sinon, dans le 'DICOM browser' de MRQuantIF choisissez le répertoire qui contient les images exportées. Le logiciel va analyser le répertoire sélectionné, automatiquement ou non, et lister les images DICOM en tentant de les reconnaitre pour savoir si elles peuvent être utilisées pour une quantification.
  • sélectionnez les images à ouvrir dans l’aborescence affichée dans le 'DICOM browser' de MRQuantIF en les cochant avec la possibilité d'une sélection automatique de tous les échos à une hauteur donnée, de la même séquence ou de toutes les séquences reconnues. Quand votre sélection est finie cliquez sur le bouton "Open selected images" en bas de la fenêtre.
  • positionnez les ROIs. Le "viewer" affiche la ou les piles d'images, avec une pile par séquence contenant tous les échos passant à la même hauteur de coupe. Dans le bandeau du côté gauche vous avez la possibilité de définir les ROIs que vous voulez. Ensuite vous les créez par un simple clic dans l'image, selon l'ordre sélectionné. Chaque ROI est retaillable, déplaçable, supprimable.
  • enfin, après avoir cliqué pour créer la dernière ROI, les résultats s'affichent : soit la courbe de décroissance du signal s’il y a plusieurs échos, soit directement le texte correspondant à un brouillon de compte-rendu. Dans tous les cas le texte résultant est copié dans le presse-papier pour être collé dans un document ouvert avec un traitement de texte acceptant le format RTF, comme Wordpad, Word, OpenOffice mais pas Notepad. On peut aussi le consulter et modifier la langue de rédaction par l'onglet "Text".

Pour plus de détails consultez le manuel en ligne.

Copies d'écran :

  Le visualiseur DICOM permet le placement de ROI

MRQuantIF ROI placement

  Graphique montrant la décroissance du signal

MRQuantIF curve

  Compte-rendu préliminaire automatique

MRQuantIF report