Warning: include(/data/htdocs/hebergementweb/sites/imagemed.univ-rennes1.fr/includes/headerLight.php): failed to open stream: No such file or directory in /data/htdocs/hebergementweb/sites/imagemed.univ-rennes1.fr/template.php on line 78

Warning: include(): Failed opening '/data/htdocs/hebergementweb/sites/imagemed.univ-rennes1.fr/includes/headerLight.php' for inclusion (include_path='.:/usr/share/pear:/data/htdocs/hebergementweb/php-include') in /data/htdocs/hebergementweb/sites/imagemed.univ-rennes1.fr/template.php on line 78

Warning: include(/data/htdocs/hebergementweb/sites/imagemed.univ-rennes1.fr/fr/nav.html): failed to open stream: No such file or directory in /data/htdocs/hebergementweb/sites/imagemed.univ-rennes1.fr/template.php on line 143

Warning: include(): Failed opening '/data/htdocs/hebergementweb/sites/imagemed.univ-rennes1.fr/fr/nav.html' for inclusion (include_path='.:/usr/share/pear:/data/htdocs/hebergementweb/php-include') in /data/htdocs/hebergementweb/sites/imagemed.univ-rennes1.fr/template.php on line 143

Onglet "Text" de MRQuantif: affichage d'un compte-rendu préliminaire


Cet écran affiche un compte-rendu préliminaire établi en fonction des options de calcul sélectionnées dans la partie Results et à nouveau accessible dans le bandeau de gauche. On peut aussi y sélectionner la langue de transcription mais aussi la zone copiée automatiquement ou manuellement dans le presse-papier.

Le texte central

Cette zone affiche un texte intégrant les valeurs affichées dans la zone Selected results de la section Results. Elle n'est pas éditable mais son contenu peut être copié (au format enrichi RTF) dans le presse-papier via le bouton de copie ou par crtl-C.

Le bandeau de droite

Les options

C'est une partie très importante du logiciel. Les différentes options disponibles influencent la valeur des résultats :

  • LIC unit : vous pouvez choisir d'utiliser l'unité d'expression de la concentration hépatique en fer par gramme de foie (en poids sec) en sélectionnant soit les µmol/g si vous travaillez avec des hépatologues ou les mg/g si vous travaillez avec des hématologues. Il y a un facteur 18 entre ces deux valeurs : 1 mg/g = 18 µmol/g. Ceci explique que la limite supérieure de la normale fixée initiallement à 2 mg/g soit également de 36 µmol/g.
  • T2* : le logiciel propose différentes méthodes de calcul du T2* (uniquement pour le foie) :
    • T2* optimal : le logiciel choisi le T2* qui lui semble optimal en prenant en compte les valeurs obtenues et le coefficient de corrélation aux points utilisés.
    • T2* basic : c'est le calcul du T2* en prenant tous les points du foie, sans tenir compte de la phase et sans tenir compte d'un éventuel bruit de fond mesuré ou calculé. On comprend que la mesure puisse être perturbée par la présence de graisse ou faussée en cas d'effondrement important du signal.
    • T2* offset : c'est la même chose mais en considérant qu'il y a un offset correspondant au bruit de fond. Cette inconnue est calculée par la formule. En pratique la valeur d'offset obtenue est parfois fausse et très éloignée de la valeur mesurée du bruit de fond.
    • T2* in : c'est le calcul du T2* basic mais en prenant uniquement les points du foie proche de la phase.
    • T2* out : c'est le calcul du T2* basic mais en prenant uniquement les points du foie proche de l'opposition de phase.
    • T2* subtraction : c'est la même chose que le T2* basic mais en soustrayant au signal du foie celui du bruit de fond (calculé par offset ou mesuré). Cette méthode entraine souvent une minoration du T2*.
    • T2* truncation : c'est la même chose que le T2* basic mais en s'arrêtant de prendre en compte les points du signal hépatique à partir du premier point qui est égal ou inférieur au bruit de fond. C'est certainement la méthode la plus logique mais elle peut aussi être prise en défaut si le signal est effondré.
    • T2* extrapolation : c'est la même chose que le T2* truncation mais en ajoutant des points fictifs adapté à la forme de la courbe (idée personnelle non encore évaluée).

  • LIC T2* : le logiciel permet de choisir la formule de conversion qui donne la concentration hépatique en fer (CHF ou LIC en anglais) à partir du T2* ou R2* (T2*=1/R2* et inversement). A 1,5T, il y a plusieurs références publiées donnant des résultats un peu différents (Garbowski 2014, Henninger et Wood). Si vous travaillez avec une formule vous pouvez la sélectionner, sinon par défaut et de façon recommandée pour l'instant choisissez plutôt celle de Garbowski. A 3T, il n'y a qu'une seule référence.

  • LIC SIR : le logiciel permet également de choisir l'algorithme de calcul de la concentration hépatique en fer (CHF ou LIC en anglais) à partir du rapport foie sur muscle. A 1,5T, il y a deux références publiées donnant des résultats un différents (Alustiza et Gandon). Si vous travaillez avec une formule vous pouvez la sélectionner, sinon par défaut et de façon recommandée pour l'instant choisissez plutôt celle d'Alustiza. En effet la méthode que nous proposons majore sans doute les surcharges en fer moyennes. A 3T, il n'y a qu'une seule référence.

  • Select : enfin il est possible de définir si l'on souhaite prioriser une des deux méthodes, T2* ou SIR, ou si le système doit prendre en compte le T2* en priorité et utiliser la méthode SIR si le T2* mesuré est trop court par rapport au TE le plus court utilisé (T2*<2 TE min) ou encore si la corrélation entre la courbe du T2* et avec le signal mesuré n'est pas assez élevée (r2<0,8).

Le language

Le menu déroulant permet de sélectionner la langue de transcription. La modification sélectionnée change la valeur par défaut et sera gardée ultérieurement au prochain lancement du logiciel.

Le mode de copie

Enfin il est possible définir la partie du compte-rendu copiée par l'utilisation du bouton sous-jacent, mais aussi du ctrl-C ou encore par défaut dès la modification du résultat par le déplacement d'une ROI ou encore la modification d'une option de calcul.